He estado dando una vuelta por la red buscando algo sobre el Depósito de Bandera y apenas he encontrado nada.
Sobre el Depósito de la Guerra si que hay.
Os pongo lo que he encontrado
Para España, ultramar fueron principalmente todas las posesiones del Imperio Español en América, Filipinas, Guam y el resto de islas del Pacífico que en un tiempo formaron parte de la Corona española. Para ocuparse de su administración y gobierno se creó el Ministerio de Ultramar. Por espacio de algunos años se creó el Consejo Real de España y Ultramar, que sustituyó al Consejo de Estado.
En el Archivo General Militar de Segovia exiten unos fondos que proceden de las Capitanías Generales de Ultramar (Cuba, Puerto Rico, Filipinas, Islas Marianas) así como Inspecciones de las Armas en Cuba, Gobiernos Militares de Ultramar y de la Caja General de Ultramar y Depósitos de Bandera y Embarque.
saludos.