La excavación ha presentado grandes dificultades por el desmantelamiento de las estructuras para construir los sucesivos edificios, por lo que tan sólo se han encontrado trazas a nivel de cimentación, sin muros, alzados ni elementos arquitectónicos como columnas o capiteles; y por los enterramientos que abarcan desde el siglo XII hasta el XIX que han horadado el suelo y removido los estratos dificultando la secuencia de la propia excavación.
El personal técnico de Patrimonio Histórico del Gobierno de Navarra y de la empresa Gabinete Trama, encargada de la excavación, apenas han encontrado materiales culturales como monedas, no ha aparecido nada de ajuar en los enterramientos y ningún utensilio, circunstancia que dificulta establecer el contexto cronológico de los estratos.
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